Como todos los ferrocarriles mineros, la historia de este trazado es muy modesta. La riqueza en hierro de los montes situados junto a San Nicolás del Puerto hizo que la sociedad escocesa “Wiliam Baird Mining Cº Ltd” adquiriera en 1892 los derechos de explotación de estos filones. Fue otro ejemplo de la presencia de empresarios del Reino Unido en la minería española, muy pródigos especialmente en esta zona de Sevilla y Huelva. Para dar salida a la producción de esta mina tendieron un ferrocarril que enlazaba con la cercana línea de tren de Sevilla a Mérida, situada situada al oeste del Cerro del Hierro, unos 15 km, siguiendo el cauce del Rivera del Huéznar.

En 1893 se iniciaron las obras de este ramal, que entró el servicio el 1 de mayo del año 1895. Y, a diferencia de lo más corriente en ferrocarriles mineros, éste se realizó en vía ancha. Esto facilitaba las labores de explotación de la línea, concedida a la empresa MZA, titular de la línea general situada en el fondo del valle, ya que este ancho ahorraba transbordos de la carga al llegar a la línea general para su traslado al puerto de Sevilla (donde tuvo un embarcadero propio) e industrias. Entre ellas un destino muy relevante se planteó en la Fábrica del Pedroso, un exótico complejo siderúrgico situado a solo 30 km de la mina y ligado a ella societariamente (fue la primera titular de las minas), pero esta factoría fracasó  y cerró antes de poder enlazarse con las minas por el ferrocarril. Además, con esta similitud de anchos se ahorraban también la construcción de una estación en el punto de arranque de la línea, una bifurcación en plena vía, bautizada como “Bifurcación de Los Prados”, también conocida como “Bifurcación Río Huéznar”.

Nunca tuvo servicio de viajeros ni de otras mercancías que no fueran las propias de la empresa minera a pesar de los varios intentos y el gran interés de los municipios por donde atraviesa su trazado. En todo caso, y de manera irregular, era muy usada por los mineros para ir desde San Nicolás a las minas en los propios trenes de mineral. En 1915 la línea fue transferida de los mineros a la empresa ferroviaria MZA, que en 1941 pasaría a ser integrada en la nueva empresa estatal Renfe. Finalmente, y debido a la caída de la producción minera, es en 1970 cuando se cierra el servicio en la línea, manteniéndose un tiempo las instalaciones y la vía hasta que pudiera decidirse sobre su desmantelamiento por una posible reactivación de las explotaciones mineras, cosa que, finalmente, nunca sucedió.