Este ferrocarril nació de forma harto modesta como tren minero para comunicar Irún con la zona minera de Endarlatza. Esta primera línea de 10 km, y construida con el singular ancho de 915 mm, entró en servicio el año 1898. En 1916 experimentó un cambio radical: se prolongó hasta Elizondo, en la cabecera del río, y se cambió el ancho, dejándolo en el clásico métrico. Esta ampliación y cambio de ancho vino acompañado de otro cambio radical: pasó de ser un ferrocarril minero a un ferrocarril de servicio universal, para viajeros y mercancías, de 51.5 km de longitud Y detrás de todo esto estaba la “Compañía de los Ferrocarriles del Bidasoa” ligada al grupo francés Credit Foncier d´Algerie et Tunisie.

Sus promotores planteaban incluso un largo ramal hasta Pamplona, que no pasó de los proyectos. Su modesta existencia, tuvo un leve repunte en la postguerra, pero finalmente, el cierre de las minas y la competencia de la carretera llevó a la empresa casi a la ruina. Esta crisis se agigantó con las graves riadas del año 1953 que, al igual que sucedió con el ferrocarril del Plazaola, arrastraron parte de la vía. Ésta fue repuesta pero su existencia duró poco más, siendo definitivamente cerrada la nochevieja del año 1956.