Ce chemin de fer naquit de façon très modeste comme train minier pour communiquer Irún à la zone minière de Endarlatza. Cette première ligne, de 10 km et construite selon le singulier écartement de 915 mm, entra en service en 1898. En 1916, elle vécut un changement radical : elle fut prolongée jusqu’à Elizondo, en tête du fleuve, et son écartement fut modifié et passa à l’écartement métrique classique. Cet agrandissement et cette modification d’écartement furent accompagnés d’un autre changement radical : elle passa du statut de chemin de fer minier à chemin de fer à service universel, pour voyageurs et marchandises, de 51,5 km de long. Derrière tout cela se trouvait la « Compañía de los Ferrocarriles del Bidasoa » liée au groupe français Crédit Foncier d’Algérie et de la Tunisie.

Ses promoteurs envisagèrent même un long embranchement jusqu’à Pampelune, qui en resta au projet. Sa modeste existence eut une légère reprise lors de la post-guerre mais finalement la fermeture des mines et la concurrence des routes conduisirent la société quasiment à la ruine. Cette crise empira dû aux graves crues de 1953 qui, comme cela succéda avec le chemin de fer du Plazaola, emportèrent une partie de la voie. Celle-ci fut remplacée mais son existence ne dura pas beaucoup plus et ferma définitivement le jour de l’an de 1956.