Les trains arrivèrent à ces terres, sur les rives du Deba, de la main de la Compañía del Ferrocarril Durango-Zumárraga. Cette société, liée par l’intermédiaire d’actions à FC Central de Vizcaya, connectait déjà, par écartement métrique, Durango à Bilbao. Le projet était envisagé comme la meilleure solution pour relier Bilbao à Saint-Sébastien, en profitant pour cela de l’embranchement à Zumárraga avec la ligne à écartement large du nord. Cela représentait une économie importante de kilomètres pour toute nouvelle ligne passant par la côte. Cependant, la topographie, et surtout le fait de surmonter le passage de la Deskarga, imposait au chemin de fer à écartement étroit des rampes et une sinuosité extrême, qui causa mille et un problèmes, dont certains aboutirent à des accidents et de multiples morts.

La ligne fut mise en service en 1888 mais au début du nouveau siècle, en 1901, un nouvel acteur entra en scène : le chemin de fer d’Elgoibar à Saint-Sébastien. Cette société, ayant également mille liens entrepreneuriaux avec les deux autres, résolut, en passant par la côte, la connexion directe à écartement métrique des deux capitales basques-cantabriques, ce qui diminua en partie la raison d’être de notre ligne à Zumárraga.

Les liens entre Central de Vizcaya, Durango-Zumárraga et Elgoíbar-San Sebastian, étaient tels qu’en 1906 les trois sociétés s’unirent et formèrent la plus puissante Compañía de Ferrocarriles Vascongados. Suite à cette incorporation, certaines améliorations eurent lieu, comme l’électrification en 1929.

Par ailleurs, un fait important fut qu’en 1915 on inaugura le chemin de fer basque-navarrais, qui supposa la connexion des chemins de fer basques avec Vitoria et Estella.

L’embranchement se produisait dans la gare de Mekolalde, un quartier de Bergara. Cette connexion apporta une circulation accrue à la ligne des chemins de fer basques mais la fermeture du basque-navarrais, en 1969, assena un coup brutal à ses comptes, déjà bien mal en point.

Sous la tutelle des chemins de fer basques, l’activité de la ligne de Zumárraga se maintint jusqu’en 1971, année où l’on autorisa une suspension provisoire des circulations. Un an plus tard, tout le réseau des chemins de fer basques fut intégré dans FEVE, société qui ne récupéra pas le service et qui, profitant d’autres fermetures de lignes dans la région, la clôtura définitivement le 1er mars 1975, soit quatre ans plus tard, le démantèlement de ses voies et installations commençant peu après.