El trazado del Ferrocarril Vasco-Navarro unía en un largo trazado Navarra con Gipuzkoa, a través de Álava. Arrancaba en la navarra estación de Estella-Lizarra y moría en la guipuzcoana de Mekolalde, pasando por Vitoria-Gasteiz. En Mekolalde enlazaba con las vías del ferrocarril Maltzaga-Zumárraga, perteneciente a los Ferrocarriles Vascongados, conectando así con toda la red métrica del Norte de España. 

Fue inaugurado en 1927, pero su construcción fue harto laboriosa, ya que la primera concesión databa de 1882 y las obras se iniciaron en 1887: 40 años de obras. Al poco de su inauguración, en 1929, se vio lo oportuno de su electrificación, por lo cual las vaporosas estuvieron poco tiempo por estas vías.

Era un ambicioso proyecto en su origen, que tuvo que ser progresivamente recortado debido a las dificultades económicas derivadas del duro trazado de algunos tramos especialmente en la montañosa divisoria entre Gipuzkoa y Álava. La iniciativa privada, con capital inglés (el primer nombre de la empresa fue “The Anglo Vasco Navarro Company Limited“, y con sede en Londres) abandonó las obras, teniendo que ser el Estado quien, desde 1897, acometiera el final de éstas así como la explotación del ferrocarril. Además del itinerario principal, contó con dos ramales: uno que desde San Prudencio daba acceso a la histórica villa de Oñati y otro al Santuario de Estíbaliz desde Andollu, completando así un total de 140 km de vías. El ramal del santuario fue el último en ser inaugurado, en fecha no tan lejana: 1948.

A pesar de su relativa juventud y su buen trazado, sus cuentas fueron resultando negativas a partir de la década de 1950. La nochevieja del año 1967, solo 40 años después de su apertura, fue también la última noche de este modesto ferrocarril que, al poco de clausurarse, fue desmantelado y su material móvil aún viable repartido por todo el país.